Между человечеством и Альянсом, объединяющим множество рас, разразилась масштабная война. Люди оказались в сложной ситуации и нуждаются в новых технологиях для достижения победы. Команда «флибустьеров» отправляется на поиски охотника за артефактами в Аномальных Зонах, но предательство со стороны союзников приводит их в другой мир (Ветвь Феникса), населенный потомками корабля «Феникс», пропавшего во время Исхода. Вместо помощи в возвращении домой, новые знакомые намереваются устранить их как потенциальную угрозу.

В борьбе за выживание выжившие «флибустьеры», ставшие настоящими пиратами, в конечном итоге возвращаются на родину на захваченном боевом корабле, который стал вместилищем как артефактов древней цивилизации, так и новейших технологий человечества из Ветви Феникса.