Первые книги Евгения Войскунского были посвящены войне — фронтовой юности писателя, пришедшейся на годы Великой Отечественной. И это закономерно: кто, как не капитан 3-го ранга, кавалер двух орденов Красной Звезды, участник обороны Ханко и Ленинграда, мог так точно и правдиво рассказать о людях суровых будней, приближавших Победу. Однако настоящую славу ему принес роман «Экипаж „Меконга“», написанный в соавторстве с двоюродным братом Исаем Лукодьяновым и снабженный подзаголовком: «Книга о новейших фантастических открытиях и старинных происшествиях, о тайнах Вещества и многих приключениях на суше и на море». Появившаяся в начале 1960-х, эта книга стала ярким явлением отечественной фантастики и, наряду с произведениями Ивана Ефремова, братьев Стругацких, Кира Булычева и других признанных мастеров жанра, завоевала широкий читательский успех.

Позже вышли новые книги, продолжившие популярное направление. Но время изменилось: не стало соавтора, рушилась сама эпоха, и жесткая современная реальность оттеснила фантастику на задний план. В последующих романах Войскунский уже не обращается к «тайнам Вещества» и опасным странствиям — он возвращается к прежней, военной теме, к «приключениям» (если их уместно так называть) настоящим, пережитым им самим и определившим его судьбу.

«Кронштадт», «Мир тесен», «Румянцевский сквер» и другие книги Войскунского — о стойкости и мужестве балтийских моряков, о подвиге ленинградцев, выстоявших в блокаду; в них особенно отчетливо звучат главные для автора слова и смыслы — долг, родина, личная ответственность перед настоящим и будущим. Но вершиной его военной (и шире — жизненной) прозы стал эпический роман «Балтийская сага» — последняя книга в творческой биографии писателя: масштабная панорама и попытка осмыслить новейшую русскую историю через судьбы нескольких поколений ленинградцев, связавших свою жизнь с флотом.