Жанровая оригинальность «Мастера и Маргариты» затрудняет однозначную классификацию произведения Булгакова. Американский литературовед М. Крепе в своей книге «Булгаков и Пастернак как романисты: Анализ романов «Мастер и Маргарита» и «Доктор Живаго» (1984) отмечает, что роман Булгакова представляет собой новаторское произведение для русской литературы, с которым сложно работать по привычным критериям. При попытке анализа с использованием стандартных мер зачастую обнаруживается, что некоторые моменты соответствуют ожиданиям, а другие — нет. Здесь фантастика сталкивается с жестким реализмом, миф с исторической точностью, теософия с демонизмом, романтика с клоунадами. Также стоит отметить, что сюжетные линии, относящиеся к ершалаимским событиям, происходят в течение одного дня, что соответствует классическим нормам, что позволяет утверждать, что роман Булгакова органично сочетает множество жанров и литературных направлений. Существуют мнения о том, что «Мастера и Маргариту» можно охарактеризовать как символистский, постсимволистский или неоромантический роман, а также как постреалистическое произведение. Взаимосвязь с модернизмом, постмодернизмом и авангардом заключается в том, что Булгаков создает романную реальность, основываясь почти исключительно на литературных источниках, при этом инфернальная фантастика проникает в повседневную жизнь советского общества.