Сюжет данного произведения отличается запутанностью, однако, в отличие от современных литературных работ о вампирах, в «Упыре» Толстого отсутствуют логические несоответствия и сюжетные дыры. Повествование, делая неожиданные повороты, приводит к финалу, который выглядит очень естественно и логично. Хотя Толстой в своем «Упыре» учитывает некоторые популярные в то время суеверия о вампирах, он в целом достоверно и с этнографической точностью описывает этих опасных существ. В частности, впервые в упыристике высказано не просто предположение, а уверенность в том, что европейский вампир происходит из восточнославянских земель, и что вампир и упырь по сути являются одним и тем же.