Роман Нестеров и сталкеры Декартовых Координат готовятся к своей последней миссии. Погруженный в чувства вины и неразрешенные вопросы, он возвращается в Московскую Зону — место, которое забрало его брата и сломало его судьбу. Тем временем, в затхлых болотах и сырых перелесках Старой Зоны военный сталкер Шекспир обнаруживает заговор, связывающий фанатиков из группировки «Обелиск», обитающих на заброшенной атомной станции, и сторонников организации «Обсидиан». Координированные атаки «Обсидиана» поразили большинство мировых Зон, оставив ЦАЯ без лидеров и неспособным противостоять надвигающейся опасности.

Враги близки к выполнению своего плана — создания Зоны на глобальном уровне, и единственными, кто стоит на их пути, являются отчаявшийся сталкер, преследуемый тенями прошлого, и наемник, превращенный учеными ЦАЯ в нечто, что уже трудно назвать человеком…