Центральным персонажем романа является Петр Пустота — комиссар, поэт-декодент и пациент психиатрической клиники, который существует одновременно в двух различных реальностях и эпохах. Его внутренний мир разрывается между 1919 годом, Москвой девяностых и виртуальным пространством, что затрудняет его понимание, где заканчивается реальность и начинается вымысел.

Как всегда, Виктор Пелевин погружает читателя в атмосферу неопределенности и добавляет к запутанному сюжету остроумную сатиру и элементы восточной философии.

Сам автор описывает свою книгу «Чапаев и Пустота» как «первое произведение в мировой литературе, действие которого происходит в абсолютной пустоте».

События романа разворачиваются как в 1919 году в дивизии Чапаева, где Петр Пустота служит комиссаром, так и в современности, а также, как обычно у Пелевина, в виртуальном пространстве, где главный герой пересекается с такими персонажами, как Кавабата, Шварценеггер и «просто Мария».

Критики утверждают, что «Чапаев и Пустота» является «первым значительным дзен-буддийским романом в русской литературе».